本发明公开了一种检测稻瘟病菌效应蛋白在水稻根组织内转运的方法，该方法包括以下步骤：稻瘟病菌病原相关分子模式MgNIP53的验证，融合蛋白处理水稻根尖，免疫荧光染色方法处理水稻，观察融合蛋白在水稻根组织内的转运。该方法通过一系列方法鉴定到了一个稻瘟病菌病原相关分子模式MgNIP53，采用融合蛋白处理水稻根尖，最后采用免疫荧光法处理水稻根尖来观察融合蛋白在水稻根组织内的转运，本发明提供的方法简便、准确、快速，为今后开发生物制剂进行有效生物防治稻瘟病提供有力参考。