本发明涉及一种发酵方法，特别涉及一种富硒红曲的制作方法，该方法包括如下步骤：（1）富硒酵母菌丝体基质的制备：酵母的液态发酵培养基采用麦芽汁加含硒化合物混合制成，接入酵母菌种在30℃-35℃温度下，培养30-35小时，离心得到的固形物在40-60℃的温度下干燥，粉碎后得到富硒酵母菌丝体；（2）配置固态发酵培养基：采用步骤（1）获得的富硒酵母菌丝体配置固态发酵培养基，装瓶，灭菌，趁热打散瓶内固态发酵培养基物料；（3）红曲菌发酵培养。本发明发酵得到的红曲中含有多种生理活性物质，其中硒含量达到300μg/g以上,蛋白质60%以上，MonacolinK能达到4-30mg/g，具有很好的保健作用。