本发明提供一种检测待测样品中的菌体的活细胞的方法及其在检测肠道内容物的菌体活细胞数中的应用，其特征在于，该方法包括以下步骤：（1）将所述待测样品与PMA接触；对接触后的产物进行提取DNA的操作，得到DNA样品；（2）对所述DNA样品进行PCR扩增的操作，获得扩增产品；（3）根据所述扩增产品中菌体DNA的扩增产物的量判断待测样品中菌体活细胞的数量。本发明还提供一种引物和一种检测待测样品中的菌体的试剂盒。通过上述技术方案，实现了菌体活细胞的定性定量检测，且本发明的检测方法特异性强，检测结果的误差小。