本发明提供野生迟缓爱德华氏菌的4株基因缺失突变株及其衍生菌株，分别为EvpC基因丧失功能的E.tardaΔEvpC菌株及其衍生菌株，包括有EsrB基因丧失功能的E.tardaΔEvpCΔEsrB菌株及其衍生菌株，PstB基因丧失功能的E.tardaΔEvpCΔEsrBΔPstB菌株及其衍生菌株，PstC基因丧失功能的E.tardaΔEvpCΔEsrBΔPstC菌株及其衍生菌株。上述弱毒株的EvpC、EsrB、PstB和PstC等1—3个基因存在引起其功能丧失的部分或全部缺失、点突变、移位或插入。较野生1101菌株或其他强毒株，E.tarda△EvpC、E.tarda△EvpCΔEsrB、E.tardaΔEvpCΔEsrBΔPstB和E.tardaΔEvpCΔEsrBΔPstC菌株的毒力分别不超过野生迟缓爱德华氏菌1101株或其他强毒株的1/40、1/400、1/4000和1/4000。上述的迟缓爱德华氏菌基因工程弱毒株可作为爱德华氏菌的弱毒疫苗株、基因工程载体或益生菌得到应用。