本发明公开了一种含有双歧杆菌包埋珠的乳饮料及其制备方法，以解决双歧杆菌乳饮料产品中双歧杆菌活力低、保存期短、不易贮存的问题。该乳饮料含有双歧杆菌包埋珠，其制备方法分为两个环节：一是双歧杆菌包埋珠制备；二是含有双歧杆菌包埋珠的乳饮料制备。本发明有效解决了双歧杆菌在乳饮料含量中活菌数低，保藏期短及食用后双歧杆菌难以大量到达肠道等问题，有效保证了双歧杆菌活菌数量和双歧杆菌活性以及双歧杆菌的贮存时间，实现了双歧杆菌对人体的益生作用。双歧杆菌包埋珠乳饮料制备条件温和，方法简便，便于工业化大生产。