本发明公开了一种带自保护的多泵液压站控制系统，包括软启动器，软启动器一端与动力线连接，动力线与动力电源连接，软启动器另一端分别与1号泵、2号泵及3号泵对应连接；动力线分别依次通过断路器、交流接触器及热继电器与1号泵、2号泵、3号泵连接，动力线另外分别与加油泵、加热器和冷却器连接，动力线另外通过断路器与PLC控制系统连接。本发明还公开了一种带自保护的多泵液压站控制方法。本发明液压站控制系统及方法，自动分配主工作电机和备用电机的工作时间，提高了使用寿命及工作效率，保证了安全和稳定。