本发明公开了一种永磁同步电机定子不对称故障诊断方法及系统，方法包括步骤：对采集定子三相电流、电压信号进行快速傅立叶FFT变换，得到各相电流和电压的基波；应用对称分量分析方法进行计算，得到基波负序电流和电压；再计算得到基波负序阻抗、基波负序电流相角差，并获得基波负序电流最大相角偏差；将基波负序电流最大相角偏差、基波负序电流幅值、基波负序阻抗作为模糊逻辑的三个输入量，利用加权模糊逻辑算法判断是否存在定子不对称故障及故障程度。系统包括永磁同步电机、霍尔电流和电压传感器、信号调理电路、数据采集仪、故障诊断中心和车载显示电路。本发明可靠性高、适用范围广、可用于不同原因引起的定子不对称故障诊断。