本发明公开了一种内河通航船舶超高检测预警系统及其工作方法，所述的系统包括船舶图像成像模块、现场图像远程发送模块、船舶图像接收模块、VTS控制中心、环境信息检测模块、环境信息发送/接收模块、桥梁净空高度发送/接收模块、桥梁净空高度测量模块、标定数据模块、AIS系统模块、无线发送/接收模块和无线手持执法终端模块。本发明以计算机视觉理论为基础，以内河通航船舶为应用背景，利用AIS设备，获得通航环境的位置信息，系统实现简单。本发明利用标定物的空间信息并且采用图像处理算法，实现离船无损检测，不会对船体造成伤害，节省了人力资源，自动化程度高。本发明通过坐标系转换标定法，补偿了成像误差，使船高测量更为精确。