本发明公开一种北斗惯导深组合导航微系统，包括三轴微机械陀螺、三轴微机械加速度计、里程计编码器、高度计、磁场计、北斗/GPS双模芯片、信号转换及接口电路、数字信号处理器及二次电源芯片，所述数字信号处理器用于接收来自信号转换及接口电路转换后的数字信号，并对角速度及加速度所对应的数字信号进行计算以得到载体的速度和位移，还用于对载体的速度、位移、行程信息、高度信息、磁场信息、北斗信号、GPS信号所对应的数字信号进行卡尔曼滤波算法计算得到导航参数。本发明将北斗、陀螺、加速度、磁场计、高度计、信号转换以及数字信号处理等功能芯片有机融合在一起，可实现全参数导航，无缝隙导航，提高了整个导航系统的抗干扰性和应用的可靠性。