一种海水中氟甲喹手性对映体的检测方法，其特征在于步骤：取养殖海水80～110mL于烧杯中，加入氟甲喹标准品1mg～2mg，超声使其完全溶解，取3～5mL过HLB固相萃取小柱，经4～6mL去离子水淋洗后用5～10mL甲醇洗脱；洗脱液氮吹至近干，乙醇复溶，定溶至3mL，过0.22～0.45μm微孔滤膜后得到溶液A；以正己烷与乙醇体积比为10～40:90～60做为流动相，并在流动相中添加体积含量为0.1％～0.3％的甲酸和乙酸铵水溶液(5mmol/L)对氟甲喹对映体进行分离；用高效液相色谱仪对上述溶液A进行检测，选用CHIRALCEL OD-H手性柱，柱温为室温，流速为0.5mL/min～0.7mL/min，波长为254nm。本发明能成功实现氟甲喹手性对映体的拆分，从而检测海水中氟甲喹对映体的残留量，为海水养殖中氟甲喹的残留风险评估及合理、安全使用提供依据。