本发明公开了一种酿酒酵母模块共转化组合筛选方法，步骤为：（1）每次从待筛选的启动子元件库、基因元件库和终止子元件库中各选一个元件组装到带有不同筛选标记的质粒上得到模块，不同的模块中，相同基因元件所选筛选标记相同，由模块组成模块库；（2）对模块库中的模块进行排列组合设计；（3）利用酿酒酵母质粒共转化技术，将与设计对应的模块转入酿酒酵母底盘菌中；（4）将转化后的菌在选择缺陷型培养基上培养，得到排列组合的正确酿酒酵母转化子；（5）结合目标性状的具体特征筛选得到高效模块组合的酿酒酵母转化子。本发明的方法极大的降低了工作量、提高了所构建系统的灵活性。得到的组合不用测序，降低了成本。