本发明提供一种利用二次酶解制备低能SLS型结构脂质的方法。利用一级大豆油、乙醇及乙酸为原料。利用脂肪酶Novozym 435，然后采用醇解与酯化结合的二次酶法制备低能SLS型结构脂质，此方法可以有效地提高低能SLS型结构脂质的产量，缩短反应时间。相比于一步法合成结构脂质，两步法的脂肪酸插入率和产物得率更高。本发明优化了反应时间、加酶量、底物摩尔比及反应温度等酯化工艺参数。在最优状态下进行反应，乙酸插入率为64.5％，经分子蒸馏纯化后的低能油脂纯度为为94.3％。为以后工业化生产低能油脂工艺提供了依据。