本发明公开了一种扫描电镜样品台定位装置及其定位方法。本发明的定位装置包括：摄像头、图像采集系统调节架、图像采集系统基台、样品台座、定位样品、图像控制器和数据处理及输出系统；本发明通过引入定位样品台，结合图像采集与处理过程，采用扫描电镜样品台坐标系标定方法，实现了样品台上不同样品位置的定位，省去了在扫描电镜小视野中通过小范围移动样品台来进行样品寻找和定位的繁琐且易出错的过程，实现样品的准确、快速定位，极大提高了扫描电镜实验效率，能够为扫描电镜用户节省大量样品搜索与定位所花费的时间与费用。