本发明公开了一种中肋骨条藻裂解病毒及其分离方法和应用，特点是该病毒为肋条藻单链DNA裂解病毒ScssDNAV，于2015年5月25日保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏编号为CGMCC No.10599，用于抑制中肋骨条藻生长并杀死中肋骨条藻，其对中肋骨条藻NMBguh004‑1、NMBguh004‑2具有强裂解作用，优点是可安全、高效、快速、特异性的降解海水中中肋骨条藻，其藻叶绿素a浓度减少率达76.14%。