一种导航信号转跟踪码捕获方法和系统，该方法包括：通过第一通道对导航星进行串行二维盲搜索，转入跟踪环路，并输出该导航星的即时码相位信息；通过第二通道快速捕获导航星捕获起始时刻的码相位信息和捕获完成时刻的码相位信息，并计算出固定延迟值；根据起始时刻的码相位信息和即时码相位信息得到捕获起始时刻到捕获结果转入跟踪环路后的固定码延迟差值；根据固定码延迟差值和固定延迟捕获到转跟踪固定延迟值，根据所述固定延迟值进行转跟踪码相位补偿。该方案通过精确计算固定延迟值，补偿输出捕获码相位结果，能够用于精确的卫星目标跟踪。并且通过实时码相位偏移值汁算方法，精确补偿码相位偏移值，可以缩短导航信号捕获号捕获和跟踪时间。