本发明公开了一种沟槽栅超结MOSFET的制造方法，包括步骤：形成硬质掩模层；对硬质掩模层进行光刻刻蚀将沟槽形成区域打开；进行第一次刻蚀形成顶部沟槽；去除顶部沟槽底部的保护层，保留顶部沟槽侧面的保护层；进行第二次刻蚀形成底部沟槽；在底部沟槽中填充P型外延层并形成底部外延填充层；在底部外延填充层的顶部填充P型外延层并形成顶部外延填充层；去除硬质掩模层和保护层从而在P型柱的顶部的周侧形成栅极沟槽；在栅极沟槽中形成栅介质层和填充栅极导电材料。本发明能防止沟槽栅和P型柱之间出现套准偏差，能提高工艺稳定性以及使器件的开启电压和导通压降更均匀，能使超结单元尺寸更小，能大幅度提高器件的抗UIS冲击能力。