本发明涉及半导体器件的制造方法及衬底处理装置。本发明提供用于将来自清洁气体的残留卤族元素从处理室内除去的新型吹扫技术。一种半导体器件的制造方法，其包括下述工序：向利用包含卤族元素的清洁气体将附着于内部的构件的氧化膜除去后的处理室内，以第一处理条件供给包含氢及氧的吹扫气体并进行排气的工序；和在以第一处理条件供给吹扫气体并进行排气的工序之后，以与第一处理条件不同的第二处理条件将吹扫气体供给至处理室内并进行排气的工序，第一处理条件是下述处理条件：与第二处理条件相比，将清洁气体供给至处理室内时残留于处理室内的卤族元素与吹扫气体的反应性相对高。