本发明公开了一种基于内部结构设计的高阻尼混凝土及其制备方法，将包括普通混凝土约束层和聚合物改性层。按照向普通混凝土约束层中引入一层或者两层聚合物改性层，形成多个约束层‑自由层‑约束层减振单元组合；其普通混凝土约束层包括水泥15～17份、天然河砂30～35份、碎石42～47份、水4～8份、减水剂1～2份；聚合物改性层包括聚合物乳液或聚合物改性砂浆。本发明高阻尼混凝土有较好的吸收、耗散能量作用，具有更为优异的减振、噪声吸收性能，且抗折、抗压强度等力学性能控制在合理的范围内。