本发明公开了两端式同轨双车运行模式下货位分配调度模型的建立方法，该方法将货物根据出/入库频率、质量、数量各个属性合理分配到可存入货位，实现两堆垛机执行出库任务运行时间的数学期望接近且最小，货架整体重心低，成组货架总质量接近，同时，在后续优化算法中，采用货位优先级策略使算法的初始种群质量更优，具体优化算法为集成多目标生物地理学优化算法，在优化求解的任意阶段都具备良好的性能。实现了出/入库频率高的货位存放在两出/入库台附近，货架整体重心低，成组货架总质量相近，能够满足“同轨双车”这一实际工况需求。