本发明公开了一种基于红外与可见光融合跟踪的舰船水炮控制系统及方法，该系统包括光电跟踪系统、控制计算机和水炮伺服控制系统；光电跟踪系统包括红外与可见光相机和激光测距仪，用于获得海上舰船目标的双通道图像信息和距离信息；控制计算机包括目标检测与识别模块和射击诸元计算模块，目标检测与识别模块用于利用可见光图像的目标颜色特征和红外图像的目标轮廓特征进行目标检测与识别；射击诸元计算模块用于对海上舰船目标进行目标建模，求解命中方程，计算射击诸元；水炮伺服控制系统用于根据射击诸元控制水炮指向目标。本发明可实现海上舰船目标的实时运动跟踪，不受电磁干扰，精确获得目标的角位置及距离信息，指导水炮进行实行有效的射击。