本发明涉及一种鲟鱼精蛋白及鲟鱼精蛋白多肽的制备方法，除杂处理后的鲟鱼白切碎成浆状，加NaCl，NaEDTA和PMSF混合液均质匀浆搅拌，离心分离，沉淀物加硫酸提取，低温离心分离，滤液用NaOH调pH，透析除盐后用乙醇沉淀，用丙酮和乙醚洗，真空冷冻干燥得鲟鱼粗蛋白；经过纯化，得鲟鱼精蛋白。鲟鱼精蛋白用磷酸盐缓冲液匀浆，加酶，γ射线辐照，酶解得酶解液；酶解液沸水灭酶，冷却，加三氯乙酸溶液，离心分离，真空冷冻干燥得鲟鱼精蛋白多肽。本发明原材料丰富，天然无污染，制备的鱼精蛋白及鲟鱼精蛋白多肽具有高持水保水性，抑菌效果，可广泛用于食品、化妆品、药品领域；特别可作为抗肝素剂用于体外心脏手术中。