本发明涉及计算机安全技术领域，公开了一种基于FPGA的主机安全防护物理卡及其数据处理方法，以确保主机的安全性。本发明安全防护物理卡主要是在FPGA芯片的可配置逻辑模块中分别设置虚拟的身份认证单元、数据加密单元、入侵检测单元、防火墙单元、陷阱单元以及规则策略单元；规则策略单元与身份认证单元、数据加密单元、入侵检测单元、防火墙单元、陷阱单元以及规则策略单元建立逻辑关联以根据本地固有的以及被防护主机上层应用所制定的各类规格策略进行联动；且入侵检测单元还用于记录引发报警的规则，并对规则进行格式转换后传送至规则策略单元以供防火墙单元进行加载并执行。