本发明提供一种鱼鳞胶原蛋白肽的制备方法，是将原材料鱼鳞进行清洗干燥，再进行预处理得到脱钙、脱色及脱杂蛋白的鱼鳞，取预处理后脱钙、脱色及脱杂蛋白的鱼鳞浸泡于温度不低于室温的碱液中至少3小时，并在浸泡过程中伴以搅拌；浸泡时间到达后，调节溶液pH值至5‑13，再加入蛋白酶，调节溶液温度不低于30℃，并在搅拌条件下继续浸泡至少3小时，然后对溶液依次进行灭酶处理、纯化及冷冻干燥，即得到鱼鳞胶原蛋白肽。该方法利用碱法接酶法两步法制备得到胶原蛋白肽分子量集中分布且低于6.5kD，残渣率低于20％，制备全过程耗时能低至23h左右。