本发明涉及一种燃料电池系统及燃料电池汽车，其中的燃料电池系统包括燃料电池和燃料电池冷却管路，燃料电池冷却管路上设有用于在燃料电池启动时为燃料电池冷却管路中的冷却介质加热的电加热器，电加热器用于连接动力电池以从动力电池取电；燃料电池系统还包括用于对动力电池保温的换热器，换热器的第一组端口串联在燃料电池冷却管路中，换热器的第二组端口用于串联在动力电池冷却管路中。本发明可有效解决燃料电池汽车中燃料电池在低温环境下性能较差难以启动以及燃料电池正常运行时的废热排放造成热量浪费的问题。