本发明公开了一种基于能量法的高桩码头结构整体安全性评估方法，包括以下步骤：步骤一、建立高桩码头结构定期检损机制及其数据库；步骤二、测定高桩码头结构的运营及损伤状态：步骤三、建立反映其实际运营状态的有限元计算分析模型；步骤四、根据有限元计算分析模型得到高桩码头结构的增稳内能和失稳外能，给出安全系数容许值；步骤五、计算获得在各种运营及环境荷载作用下的安全系数并与安全系数容许值进行比对，对高桩码头结构的整体安全性能进行评定。本发明提供的基于能量法的高桩码头结构整体安全性评估方法，摆脱了现有评估方法局限于构件、缺乏统一的评估标准的问题，使得高桩码头结构整体安全性评估方法更具普遍性和代表性。