本发明公开了微卫星标记鉴定鲫鱼倍性的方法，所述方法包括以下步骤：(1)开发微卫星序列，设计、筛选引物；(2)采集鲫鱼尾部鳍条，提取基因组DNA；(3)以鳍条基因组DNA为模板进行PCR扩增；(4)将步骤(3)获得的PCR扩增产物用ABI3730测序仪进行毛细管电泳检测；(5)分析ABI3730测序仪的峰值图。与现有技术相比，本发明具有以下优点：(1)本发明所述的微卫星标记具有特异性强，灵敏度高，扩增效率好的优点；(2)本发明所述方法较传统的染色体核型以及流式细胞方法操作性强，成本降低，时间缩短；(3)本发明所述方法在不损伤鱼体的前提下能够准确、快速的鉴定鲫鱼倍性。