本发明提供了一种基于水提取和二次酶解制备海鲜调味料的方法。本发明是将鱼类加工过程中产生的鱼骨等副产物经过水提取，然后再利用二次酶解的方法，得到水提液、一次酶解液和二次酶解液，水提液和一次酶解液分别经过过滤、离心、浓缩、调配、均质、杀菌等步骤制取鱼骨浓缩清汤和鱼骨浓缩白汤，亦可以经过喷雾干燥制取粉状鱼骨提取物；二次酶解液经过过滤、离心、浓缩、脱苦腥、调配、美拉德反应、杀菌等步骤制取鱼酶解反应物，或者经过喷雾干燥制取粉状鱼酶解反应物。酶解后的鱼骨可经过干燥、超微粉碎制取鱼骨粉。本发明的技术方案合理，提取效率高，制备的产品风味好，应用面广泛，达到了鱼骨副产物综合利用的目的。