本发明公开了一种带磨耗补偿的自动对中控制系统，包括：对中传感器，获取钢轨的轨廓数据，以及探轮的实际位置；磨耗补偿计算单元，根据钢轨的轨廓数据计算钢轨的轨头的磨耗量，通过该磨耗量计算磨耗补偿量，并根据磨耗补偿量至少分三档对对中基准值进行补偿；PID控制单元，根据磨耗补偿计算单元输出的经过补偿的对中基准值，以及探轮的实际位置进行PID控制，并输出控制值；对中控制单元，根据PID控制单元输出的控制值生成用于控制探轮动作的驱动控制信号。本发明能够解决在轨头磨耗严重的钢轨上，对中系统控制偏差正常的情况下，仍然严重失波的技术问题。