本发明公开了一种基于FPGA的自适应空频滤波算法，涉及通信导航技术领域，本发明基于空频自适应抗干扰处理模块，空频自适应抗干扰处理模块包括快速傅里叶变换模块、相关矩阵R计算模块、相关矩阵R累积模块、相关矩阵R求逆模块、权值w计算模块、权值相乘滤波模块和快速傅里叶逆变换模块，多路时域复信号通过快速傅里叶变换转换到频域信号，进行相关矩阵R的计算和累加，对累加结果进行求逆运算，根据求逆结果计算得到权值，将权值和多路频域复信号相乘滤波，最后再进行快速傅里叶逆变换得到自适应空频滤波后的时域输出信号，本发明具有抗干扰处理速度快，能够并行且快速在频域处理卫星导航信号，提高了信号处理的实时性、稳定性，具有较高的可靠性的优点。