本发明提供一种燃料电池混合动力系统的控制方法及系统，所述燃料电池混合动力系统包括锂电池和燃料电池，所述方法包括：在燃料电池+锂电池双动力模式下，若车辆运行状态发生变更，则维持燃料电池输出功率，并基于车辆电机动力系统的当前需求功率，调节锂电池当前输出功率；若该当前需求功率大于燃料电池的设定最小输出功率，则基于锂电池的当前荷电状态和车辆电机动力系统的当前需求功率，利用多目标自适应控制算法，计算燃料电池的期望输出功率；基于期望输出功率，在预设燃料电池输出调整时间内，平滑调节燃料电池的实际输出功率。本发明能够使燃料电池在不同运行工况下平稳运行，并能有效提高燃料使用效率，延长电堆使用寿命。