本发明公开了一种地下结构与墩柱分离式柔性节点结构，包括地下结构顶板(1)、墩柱(2)及之间的结构间隙(3)，所述地下结构顶板(1)一侧设有地下结构孔边梁(101)和地下结构孔边挡土墙(102)，地下结构孔边挡土墙(102)之上的部分为地下结构出地面墙(103)，结构间隙(3)内设有柔性填缝件(3)且其顶端和底端设有可伸缩的第二密封件(303)和第一密封件(302)，所述墩柱(2)的一侧设有覆盖在所述结构间隙(3)和地下结构孔边挡土墙(102)顶部的墩柱耳板(201)。本发明还公开了一种地下结构与墩柱分离式柔性节点的建造方法。本发明地下结构与墩柱分离式柔性节点结构，防止刚性连接导致结构拉裂渗水及地下水通过预留缝隙渗漏。