本发明公开了利用梨花粉单细胞进行基因组单倍型组装的方法，利用体外花粉生长的特性结合酶法去除细胞壁制备单个无细胞壁的花粉原生质体，利用动物单细胞扩增技术对单倍型的单个花粉细胞进行全基因组扩增并测序。利用测序所获得的单倍型花粉基因组信息，采用‘12位二进制码’对38,304条人工染色体进行编号的方式建立每条人工染色体与‘砀山酥梨’两个亲本之间的联系。最后结合大部分BAC在锚定参考基因组中的定位情况，分别对砀山酥梨34条单倍型的染色体进行了独立的单倍型组装。这种方法有助于后续果树植物基因组的研究，为后续的分子育种提供新的基因资源，为实施绿色农业提供新的遗传资源。