本发明提供一种柔性作业车间调度方法及系统，该方法包括：步骤1、基于柔性作业车间调度问题FJSP的基本参数，生成初始种群S，并将初始种群S作为父代种群P；步骤2、对父代种群P进行选择、交叉和变异操作，得到临时子代种群T；步骤3、基于临时子代种群T，对父代种群P进行小生境预选择操作，得到子代种群C；步骤4、计算子代种群C中每个个体的适应度值，并将子代种群C中适应度值最高的个体作为所述FJSP的最优解；步骤5、基于所述最优解，对所述FJSP对应的作业车间进行调度。本发明提供的柔性作业车间调度方法可使得解的搜索空间能够保持种群多样性，从而可保证求得的解可收敛于全局最优，进而能够提高车间调度效果。