一种扫描电子显微镜系统包含：电子束源；样本载台，其包含第一对准特征；电子光学柱，其包含电子光学元件，所述电子光学元件包含具有第二对准特征的透镜；以及对准板，其具有第三对准特征。所述系统另外包含参考目标及检测器组合件。所述电子光学元件可配置以同时聚焦于衬底及所述参考目标上。所述系统还包含控制器，所述控制器以通信方式耦合到所述电子光学柱的至少一或多个部分及所述样本载台以进行调整，以便将电子束对准到第一组对准特征、第二组对准特征、第三组对准特征、所述参考目标或所述衬底中的至少一个。所述控制器也进行调整以将电子束同时聚焦于第一高分辨率平面及第二高分辨率平面处。