本发明公开了一种自动发药机补药系统，包括补药传输装置、药盒测量装置、药盒识别装置和药盒取放装置，所述补药传输装置包括水平补药皮带、药盒分离皮带和双向传输皮带；所述药盒测量装置包括真空吸嘴机构和尺寸测量机构；所述药盒识别装置包括六个扫码枪和一个图像识别传感器；所述药盒取放装置包括上水平导轨、下水平导轨、竖直导轨和机械手拾取机构。本发明的自动发药机补药系统，可以自动测量识别药盒规格，具有自动纠错功能，并采用机械手抓取药盒，实现补药，可以提高工作效率。本发明还公开了一种自动发药机补药系统的补药方法。