一种快速准确鉴定杂草稻与栽培稻的分子检测方法，属于生物技术领域。其包括以下步骤：提取水稻基因组DNA样本；对水稻基因组DNA进行巢式PCR扩增；以PCR产物为底物，用相应的限制性内切酶进行酶切反应；通过琼脂糖凝胶电泳检测酶切产物鉴定杂草稻与栽培稻。本发明可以在水稻幼苗期就进行鉴定，达到早发现早防除杂草稻的目的。本发明采用巢式PCR方法对SNP位点进行扩增，保证了扩增反应的特异性和灵敏度，得到的PCR产物可直接用于限制性内切酶酶切反应，整个过程不超过6个小时，且需要的仪器和试剂都容易获得且价格低廉，操作简便。本发明针对3个SNP位点设计了3对特异性引物，采用检测结果的三重认证来保证结果的准确性。