一种基于残基距离和接触信息的蛋白质结构预测方法，在Rosetta的基本框架下，引入表示空间中各个位置上残基的相互距离的距离谱和残基接触信息来提高能量函数的精度。首先初始化构象，用Rosetta第一阶段的片段组装技术生成初始种群，并在初始种群中分别对每个构象用Rosetta第二阶段的片段组装来生成新构象；然后根据设计的残基距离谱和接触信息能量函数来指导构象选择，从而更新种群；最后，按上述步骤分别进行Rosetta第三阶段和第四阶段，从而得到最终预测结果。通过残基距离和接触信息为辅来指导构象选择，从而缓解能量函数不精确导致的预测误差问题。本发明预测精度较高。