本发明涉及一种具有掩膜层的反极性LED芯片，所述芯片包括基板层、键合层、粘结保护层、复合结构层、外延层、掩膜层、N电极和钝化层；基板层的上面依次从下至上为键合层、粘结保护层、复合结构层；外延层在复合结构层的上面，外延层依次从下至上为p型层、发光层、n型层、粗化层、欧姆接触层；在外延层上面设有掩膜层、N电极和钝化层，掩膜层在欧姆接触层之上，且与N电极图形对应，环绕在N电极周围。本发明还提出一种具有掩膜层的反极性LED芯片的制备方法。本发明可以解决粗化工艺中，欧姆接触层湿法腐蚀过程侧钻导致的N电极脱落问题，有效地提高了LED芯片的制备良率。