本发明公开了一种从虾夷扇贝生殖腺中回收分离蛋白的方法，包括：原料预处理、制备脱脂粉、碱溶、酸沉、透析法低温除盐、杀菌及干燥。本发明具有工艺简单、处理成本低、周期短等优点，且整个过程无有害物质排放，对环境无污染；制备的虾夷扇贝生殖腺分离蛋白的持水、持油性、乳化性较虾夷扇贝生殖腺脱脂粉有明显的改善，且分离蛋白的形态较好，外观均一，质地细腻，色泽稳定，其持油性和乳化性均可与商品化的大豆分离蛋白相媲美。此外蛋白质中无溶剂残留，可以作为基料广泛用于食品或饲料工业因此本发明对于虾夷扇贝原料的开发利用具有重要的意义。