本发明公开了一种在淀粉糖生产中控制糠醛超标的生产方法，属于食品、药品生产领域。所述方法包括：控制糖化温度控制在48℃‑62℃，PH在4.4‑4.6，灭酶温度控制在70℃‑75℃，在加入浓缩罐前，加碱将PH调到4.5‑5.0。通过保证在淀粉糖生产过程中尽量保持低温、高PH的条件，减少了糖化液在低PH、高温条件下造成的糠醛量的增加。进一步的，通过将淀粉加水打浆之后加高压脉冲电场处理，采用新型的大孔吸附树脂对糖液里面的5‑HMP进行吸附处理，进一步降低了5‑HMP的含量；另外，通过特殊的进糖方式，使得得到的成品糖的温度降低，充分有效利用了生产过程中的热能。