本发明涉及一种多FPGA互联装置及其数据传输方法，该装置包括第一FPGA、第二FPGA以及第三FPGA，第一FPGA内设有中央处理器，第二FPGA内设有闪存控制器；第三FPGA内设有AXI总线互联矩阵，AXI总线互联矩阵包括多路输入与输出互相连接的AXI总线，中央处理器以及闪存控制器分别通过LVDS接口与AXI总线互联矩阵连接。本发明通过对整个SOC芯片设计进行合理划分，并放置到多个FPGA内，多个FPGA采用LVDS接口进行数据的高速传输，可使得整个装置综合速度快，且计时易收敛，既实现SOC芯片的主要功能，又成本低，且灵活性强。