本发明公开了一种基于势估计辅助的蚁群聚集细胞跟踪系统，通过细胞势预测与信息素场初始分布模块、蚂蚁搜索规则模块、信息素场存在概率更新模块和细胞势估计及状态提取模块的分析，实现聚集细胞的跟踪；原始图片输入后，利用细胞信息素场存在概率进行细胞势预测；在基于信息素梯度指数形式的蚂蚁搜索模式下利用基于圆锥形曲线的信息素扩散模型构建信息素场；在此基础上更新信息素场存在概率并同时进行细胞势和状态估计，最后利用细胞之间的距离关系关联获取细胞运动轨迹，实现聚集细胞的跟踪。本发明能精确估计聚集细胞的数目和状态，对细胞进入或离开视图的多细胞跟踪取得了良好跟踪效果。