本发明提供了一种分离绿原酸的方法，步骤如下：（1）制备填料：将氧化锌、氧化钙、中性氧化铝、轻质二氧化硅混合后搅拌均匀，在580～620℃活化，制得A组分；将A组分、葡聚糖凝胶和分散剂按重量比1：（2～3.5）：（40～70）混合，在40～55℃搅拌5～8h，静置，过滤除上清，干燥，制得填料B；（2）制备分离柱：将填料B和硅藻土依次进行装柱，用混合溶剂淋洗至柱子达到平衡，制得分离柱；（3）绿原酸分离：将待分离的绿原酸提取液上样于步骤（2）制备的分离柱，然后以混合溶剂为流动相进行洗脱。本发明的分离方法操作简单，分离时间短，得到的绿原酸纯度高。