本发明提供了一种FPGA原型验证系统，所述FPGA原型验证系统包括：至少两个级联的FPGA原型验证板；前一级FPGA原型验证板的高速连接器的I/O端口与后一级FPGA原型验证板的高速连接器的I/O端口连接；前一级FPGA原型验证板的光接口模块的I/O端口与后一级FPGA原型验证板的光接口模块的I/O端口连接。达到了通过高速连接器和光接口模块，可以灵活的进行板级的级联，从而便于进行一些大规模的模块或全芯片原型验证实验，可用互连接口的大幅提高解决了现有方案互连接口少的缺点的技术效果。