本发明公开了一种考虑碳交易机制和柔性负荷的综合能源系统优化调度方法。本发明的技术方案包括步骤：以能源中心模型为基础，对综合能源系统的耦合环节进行建模，输入能源为电能和天然气，输出电能、热能和天然气以供应负荷需求；将碳交易机制引入综合能源系统调度模型中，综合考虑整个能源供应环节的碳排放，并设立了过排放罚金机制；将柔性负荷应用于综合能源系统的低碳经济运行中；在上述基础上，引入电力系统网络约束、天然气系统网络约束和能源中心内部约束，建立了以碳交易成本、柔性负荷调度成本和系统能耗成本为目标的综合能源系统低碳经济调度模型。本发明能够促进可再生能源消纳，降低系统能耗和碳排放，显著提升系统的综合效益。