本发明公开的一种基于HLA基因多态性位点的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：A(H7N9)患者和健康对照标本的收集步骤；HLA候选位点的初筛步骤；HLA高风险位点的验证确认步骤。本发明还公开了一种基于HLA基因多态性位点预测H7N9易感人群的用途，其特征在于，所述多态性位点包括HLA-A*02:06和/或HLA-DRB1*12:02。本发明采用多重PCR靶基因捕获联合高通量二代测序的技术，对A(H7N9)禽流感患者和健康对照HLA区域的基因多态性进行检测分析。运用其他研究的大样本健康对照中进行验证，增强了小样本群体基因组研究结果的可靠性，提高了筛选出的基因位点和疾病关联的有效性。