一种空间飞行器长期在轨能源系统安全性评估方法，包括：(1)建立能源系统安全性模型；(2)将预设的故障率参数指标注入所述能源系统安全性模型，得到安全性指标方程；(3)将通过试验获得的电流应力、热应力和机械应力的耐受能力注入得到的安全性指标方程中，进而获取能源系统安全边界；(4)令能源系统在轨运行，监测能源系统的电流应力、热应力和机械应力的发生次数和量级；(5)将步骤(4)监测到的发生次数和量级注入到安全性指标方程中，得到能源系统安全实时值；(6)比较能源系统安全实时值与所述能源系统安全边界的大小，从而完成空间飞行器长期在轨能源系统的安全性评估。本发明解决了系统在轨维护和贮存管理的问题，为实现能源自主健康管理提供理论基础。