本发明涉及一种基于无人机定位拍摄的果园监控系统和方法，其中系统包括人机、果实标记模块、果实监控模块，无人机设有摄像模块、定位模块；摄像模块用于在无人机飞行时拍摄包含果园内参照物和果实的图像；定位模块用于获取在摄像模块拍摄图像时的无人机位置；果实标记模块用于从定位模块获取无人机位置，并确定摄像模块拍摄的图像上的果实位置，将无人机位置和图像上的果实位置作为果实的标记；果实监控模块用于根据图像上参照物与果实之间的颜色比值获取果实的颜色和/或根据图像上参照物与果实之间的大小比例获取果实的大小。本发明可以便捷地标记果园中的果实并监控果实的颜色大小，使得监控人员可以及时地对异常的果实或植株进行处理。