本申请提供一种基于阈值自动控制的钢轨超声波探伤方法及系统，方法包括：获取目标钢轨当前的探伤超声波信号对应的数字信号；对数字信号进行特征提取，得到特征组，特征组中包含有伤损回波高度和钢轨草状波高度；根据当前的伤损回波采集阈值对伤损回波进行筛选，生成用于目标钢轨的伤损识别的B型图；基于钢轨草状波高度，应用模糊控制算法得到当前伤损回波采集阈值对应的调整值；在获取目标钢轨的下一探伤超声波信号对应的数字信号之前，基于调整值自动调整当前的伤损回波采集阈值，直至完成针对目标钢轨的超声波探伤过程。本申请能够有效实现钢轨超声波探伤过程中的阈值自动控制，进而能够有效提高钢轨伤损识别过程的时效性、准确性和可靠性。