鉴定宏基因组样品中包含的病原体和鉴定所述病原体基因组中的病原性标志物的方法，该方法包括以下步骤：‑处理(12)宏基因组样品以从病原体中提取DNA，‑测序(14)提取的DNA，从而产生读长组，‑将所述读长组与已知病原体基因组的数据库进行比较(22)，以便将读长分配给所述已知病原体；‑产生(26)读长池，其包含分配给病原体的读长，以及组装(28)汇集的读长以产生重叠群，‑将重叠群与遗传标志物的第二数据库进行比较(30)，以检查产生的重叠群是否含有标志物，该方法还包括以下步骤：‑将所述读长组与第二数据库进行比较(24)以便将读长分配给标志物，如果它完全落入所述标志物中或者如果它是跨越所述标志物则将读长分配给标志物，并且所述池中还包含分配给所述标志物的读长，因此，所述重叠群由分配给病原体的读长和分配给标志物的读长组装而成。